早在康熙时期，已经为外蒙古独立埋下了巨大隐患。这就要从康熙时期的雅克萨之战说起沙俄从明朝末年开始，就不断骚扰东北地区，经常对东北进行烧杀抢掠。到顺治时期，对东北的侵略更猖獗，康熙年间，为了制止沙俄的侵略，在康熙的授意下，分别于1682和1686这两年进行了两次雅克萨之战
两次雅克萨之战中，由于中国装备非常落后，中国人用刀剑、弓箭等冷兵器，对战沙俄的火绳枪（第一次雅克萨之战的时候用的比较多）和燧发枪（第二次雅克萨之战中使用的新式枪械），最终以多打少，艰难取胜虽然是艰难取胜，但是毕竟胜利了，按照100多年后列强侵略中国的规矩来看，战败国不仅要撤兵，还要对战胜国支付大额战争赔款。但是事实是，康熙帝请求沙俄与自己签订《尼布楚条约》。这个条约唯一平等的地方就是条约签订的双方都是以国家的名义签订的，双方的地位是平等的。从内容上来看，完全是一个割让领土的条约。条约中将贝加尔湖以东原本属于中国的领土，让给了沙俄，更恶劣的是，将贝诺斯山与到北冰洋到白令海峡在内的广大区域约为300万平方公里的中国领土定为待议地区。从中国后来的历史看，这片领土再也没有回归中国版图
表面上看，这个条约显示了康熙皇帝对西方变得日益强大的力量的无视，真有这么简单吗？其实不是，康熙在此时，正酝酿着一个阴谋，也正是这个阴谋，为外蒙古独立埋下隐患中俄签订《尼布楚条约》的时间是1689年，在1688年的时候，蒙古葛尔丹率军直接打到内蒙古乌珠穆沁地区，直逼北京。葛尔丹严重威胁到康熙的统治。其实，康熙对蒙古人一直比较忌惮，虽然康熙最终平定葛尔丹，但是康熙一直在想方设法彻底解决蒙古问题。刚好在东北地区，沙俄一直骚扰东北。康熙就终于想到了一个策略，利用沙俄限制蒙古的发展。当然，为了利用沙俄，必须转移沙俄的注意力，让沙俄把侵略目标从中国东北转向北方的蒙古，所以，不能得罪沙俄。康熙在打沙俄的时候，确实用心准备了，从各地调兵，虽然艰难战胜，也达到他的目的了。他就有了和沙俄谈判的资本。康熙于是乘胜向沙俄提出谈判要求，俄罗斯的要求很过分，索额图在一再反对下，最终还是在牺牲自身利益的前提下和沙俄签订《尼布楚条约》
