后来，日本不死心，进一步加紧了对朝鲜的侵略扩张。1894年，日本人趁着朝鲜爆发东学党起义，出兵朝鲜，控制了朝鲜皇宫，闵妃被迫再次下野。此时的闵妃不甘心失败，但是这次清军在甲午中日战争中惨败，是指望不上了，她转而求助于沙俄等西方国家，这是日本所不允许的，这为她的死埋下了伏笔。
残忍杀害
随后，日本人在宫中搜寻闵妃，闵妃仓促间装扮成宫女躲起来，但是很快就被一个日本浪人在坤宁宫的内室里发现了。这个日本浪人扯着闵妃的头发拖了出去，顺手就是一刀，闵妃反抗，又被另一个日本浪人砍了一刀，身中两刀的闵妃倒在了地上，奄奄一息，口中一直叫着自己儿子的名字。
