边疆问题是中国古代王朝统治最重要的问题之一，它关系着王朝的领土完整以及中央王朝对于边疆的统治和权威。许多王朝覆灭于内部腐败，但边疆问题却往往是"压死骆驼的最后一根稻草"，这一点在明朝展现的淋漓尽致。
明朝的边疆问题主要在于东北。1386年，朱元璋在南京建国，国号大明，建元洪武。与诸多统治中原的少数民族政权一样，元朝统治者在数百年间早已经在纵情声色之中将蒙古人的强大消耗殆尽。元朝的腐败问题与民族矛盾非常尖锐，元末明初学者叶子奇在他的著作《草木子》一书中揭露道："元朝末年，官贪吏污，始因蒙古色目人罔然不知廉耻之为何物。其问人讨钱，各有名目……漫不知忠君爱民之为何事也。"如此一来，元朝已是不得民心，因此当朱元璋建国后，元朝很快就被推翻，大量元朝将领投降明朝。当然，还有一部分元朝残余势力占据在西北和东北一带，对明朝负隅顽抗，给明朝边疆统治带来巨大的威胁。
在这种情况下，为巩固明朝统治，明太祖在平定元朝残余势力以后，在辽东半岛建立辽东都司和许多羁縻卫所。辽东都司全称为辽东都指挥使司，它是明朝在辽东地区设立的军政机构，而明朝的羁縻卫所则是明朝时针对边疆地区，以当地首领为长官，掌管当地军民政事的地方机构。羁縻卫所直隶于兵部，不过在实际操作中羁縻卫所拥有极大的权力，其长官甚至由各部族世袭，足以可见当地部族首领对于羁縻卫所的掌控力度。
