关于建文帝的种种疑团，在2008年出现了重大的转机。这一年年初，福建宁德市的上金贝村在修建道路时候，意外在山坡下发现了一座年代久远的古代墓葬。在考古队清理发掘的过程中，出土的文物和墓葬的形制让历史专家渐渐意识到，这座墓葬的主人很可能就是消失600多年的建文帝。对此专家给出了三点理由：
首先，考古队在墓地清理出了一座代表佛家的舍利塔，上面有一行铭文"御赐金襕佛曰圆明大师第三代沧海珠禅师之塔。"由此可以看出，墓主人生前是一位高僧，但如果仔细研究铭文的内容，会发现背后隐藏着一个惊天的秘密。铭文中"圆明大师"代表的是明朝和圆寂的意思，而"第三代"是从朱元璋出家算起，到朱允炆正好是第三代，以此推断，这位名叫沧海珠的墓主人很可能就是出家为僧的建文帝。
清朝时期也有史书记载朱允炆生活在狮山正续寺，并剃度出家为僧：''止于狮山正续寺数十年''，所以朱允炆最后的落脚地应当属于云贵一带，在此地出家为僧，这也是为何之后南明会选择将重心放到西南地区的原因之一。
