而后，朱高燧又在明成祖朱棣病重时意图谋害，事发后幸好由朱高炽向朱棣求情，才不予追究。即使是被朱高燧陷害了多次，险些被废，朱高炽也依然选择既往不咎，真心为他们求情，而不是落井下石伺机报仇。
四十六岁，朱高炽才登基，终于当上了皇帝。他在位期间，治理改革了内阁，选择忠良补充内阁官员，让自己信任的心腹担任要职，加强了明王朝的统治；在经济上，他减免赋税，安置流浪的灾民，使朝廷收益增加，外交方面朱高炽北防蒙古入侵，对南洋各国也继续保持贸易关系。
朱高炽不同于朱元璋朱棣好武轻文，他重视国朝文化教育，大力弘扬儒学文化，选用了很多得力的文臣。除此以外，朱高炽还改革了明朝的科举制度，加大了北方士子考中进士的几率，这种制度也一直被沿用。
朱高炽最为人所称道的是，赦免了建文帝的许多旧臣，平反了许多冤狱，废除了许多苛政，并且停止了永乐时期的大规模用兵，天下百姓得到了休息，为仁宣之治打下基础。
洪熙元年五月，朱高炽病重，不久去世，终年47岁。从登基到去世，朱高炽在位时间不足十个月，去世前三天，他还在日理万机地处理朝政，从身体不适到"崩于钦安殿"，前后仅两天时间，他究竟是因何而死，《明仁宗实录》、《明史·仁宗纪》等，都只字未提，死因成谜，给人留下了无限遐想的空间。
