首次执行最长6 个月组合体长期驻留任务
神舟十三号载人飞船与空间站试验核心舱径向对接后，停靠飞行时间增加至6个月，是我国迄今为止时间最长的一次载人飞行，神舟十三号飞行任务首次考核并验证了空间站任务航天员长期在轨驻留能力。
首次执行应急救援发射待命任务
为应对在轨停靠飞船无法返回的故障，空间站任务阶段首次建立了应急救援任务模式，采用"滚动待命"策略，在前一发载人飞船发射时，后一发载人飞船在发射场待命，通过在轨停靠飞船和发射场待命飞船共同确保在轨航天员安全。神舟十三号载人飞船首次执行了应急救援发射待命任务。
首次实施快速返回流程
为进一步提高返回任务执行效率，缩短地面飞控实施时间，提高航天员返回舒适度，神舟十三号将首次实施快速返回。通过对飞行任务事件进行合理裁剪和调整、压缩操作时间，将返回所需时间由以往的11个飞行圈次压缩至5个飞行圈次。
