当时，接到袁绍命令的董卓，带着三千人马赶回来京城，而在京城没有什么根基的他，却轻松地就接受了何进大将军的军队，并且，在进入都城后把控住了朝政，顺利废掉汉少帝，立刘协做了皇帝。这时的袁隗在做什么呢？他竟然没有任何异议，反而，十分赞同董卓废帝的行为。
要知道，袁氏一族好几代人都受到汉室皇帝的恩惠，在这样一个关键时期，他竟然忘恩负义，没有丝毫的作为。而董卓本来就深受大臣们厌恶，人人都想杀了他，如果在这个时候，他能联合大臣挺身而出，再加上，自己的侄子们袁绍和袁术的军队，必定能大败董卓，让他不敢任意妄为。可是呢，他仍然没有任何行动，后来，他更是任由董卓杀死了汉少帝和太后。
在董卓掌握朝政之后，他的侄子袁绍和袁术趁机逃出京城，准备组织地方军队打击董卓，灭他的威风。之后，袁绍和袁术二人的行为让董卓怒火中烧，下令派人追击他们，同时，董卓害怕袁隗是他们的内应，便下令杀了袁隗一族。就这样，袁隗一家二十多口人被灭口，袁隗同样也没能保住自己的性命。
《资治通鉴》记载："... ...以后将军袁隗为太傅，与大将军何进参录尚书事。""袁绍与叔父隗矫诏召樊陵、许相，斩之。""卓以废立议示太傅袁隗，隗报如议。""袁隗解帝玺绶，以奉陈留王，扶弘农王下殿，北面称臣。""（初平元年三月）董卓以袁绍之故，戊午，杀太傅袁隗、太仆袁基，及其家尺口以上五十馀人。"
