实际上秦琼其实是比较痛苦的，和李世民其他将领不同，秦琼的官职和地位是超然的，是李渊的爱将，是在李渊的受命下来帮助李世民的，因此玄武门之变中秦琼才进退失据，不管是背叛李世民还是逼宫李渊，秦琼都做不到。
秦琼只能保持中立，这是秦琼的道义和准则迫使秦琼在玄武门之变是全程打酱油，尉迟恭就成了独挑大梁的先锋，杀死李建成、李元吉，割下首级平定东宫之乱，进而逼宫李渊，确保李世民改天换日成功。
于是尉迟恭是除了几位宰相和皇族李孝恭之外，凌烟阁排名最高也是爵位官职最高的武将，即使是有大唐军神之称的李靖也排在尉迟恭之后，可见在李世民心中玄武门之变的意义之大。
正是因为在决定李世民生死有命，还是富贵在天的一战，秦琼没有坚定的站在李世民这边，导致李世民和秦琼是有了间隙的，更何况秦琼的功绩多是在李渊的武德年间立下的，李渊也和秦琼是有很深渊源的，因此实际上秦琼是李渊的心腹爱将。
凌烟阁实际上是李世民纪念自己的文臣武将的，如果是纪念开国的话，刘文静等人不可能不上，李世民更多是想弱化李渊和李建成的功绩，来抬高自己，李世民还开了一个坏头，亲自指示了如何写史书，其中抹黑李渊和李建成的可是不少，那么秦琼的功绩自然就不能言说了，因此这也是秦琼排名最末的原因之一。
