这边李世民亲自率兵冲出，追击在两人身后。情急之中，李元吉对着李世民连射三箭，却一箭未中。李世民弯弓射箭，一箭就射中了李建成，那边李元吉也被尉迟恭杀死。东宫的护卫得知消息传出，赶来之时，被秦王的部队拦截在玄武门之外。
双方发生激烈的争斗，等到尉迟恭将李建成和李元吉的头颅割下示意，东宫的护卫才不得已散去。李建成死后，李世民被李渊立为太子。
后来李渊颁布诏书："自今军国庶事，无大小悉委太子处决，然后闻奏。"因为整个玄武门之变，透露着许多迷点，李渊在事后的表现更让人疑惑，所以后世有传李世民发动政变杀死兄弟，逼迫父亲的言语。
