燕军攻破京师后，文武百官多见风转舵，投降燕王。但方孝孺拒不投降，结果被捕下狱。朱棣想借用方孝孺的威信来收揽人心，不仅屡次派人到狱中劝降方孝孺，还希望由他撰写新皇帝即位的诏书，但方孝孺坚决不从。
最后朱棣强行派人押解方孝孺上殿，强迫他写诏书。 但方孝孺却大书"燕贼篡位"，朱棣见他宁死不屈，威胁他说："你不怕被诛九族吗？"方孝孺义正严辞地斥责说："即使诛我十族又怎样？"
朱棣怒不可遏，于是大肆搜捕方孝孺的亲属，还包括他的门生和朋友（即第十族），在方孝孺面前一一杀害：
诛父族四、母族三、妻族二、门生族一。
