1644年，明朝这个堡垒被从内部攻破了，李自成农民起义军攻克北京，崇祯皇帝在煤山自缢，明朝宗室南逃，组建了政权，也就有了后世所称的南明。之后就有了吴三桂引清军入关，大顺政权在大清和南明的夹击中就被消灭。
清兵继续南下，南明在清的攻击下，疆域变得越来越小。
1662年，南明最后一帝永历帝，被吴三桂杀于昆明，南明灭亡。
1662年郑成功收复台湾，建立明郑政权，明郑政权末期与清政府处于军事对峙状态，逐步演变成地方割据政权。1683年7月8日，清政府派福建水师提督施琅率水陆官兵2万余人、战船200余艘，从铜山（今属福建漳州）向澎湖、台湾进发。清军向澎湖守军发起攻击，郑军溃败。郑克塽率众归顺清政府。至此台湾在清政府直接统治之下。
清朝可以说是接手了明朝后期的全部疆土，大约有600万平方公里左右，并且在康雍乾三帝的努力下，疆域达到最大，达1300万平方公里。
