但是在明朝万历年间，日本又不安分了，1588年，日本太阁丰臣秀吉基本统一日本后，为了平息国内武士对分封不均的不满并为削弱各个诸侯势力。决定对外发兵，以获取更多的土地。
日本对外扩张也没什么别的选择，唯有朝鲜半岛而已；经过四年的动员，在1592年，丰臣秀吉共调动军队九个军团共20万人渡海至朝鲜作战；日军在战争初期处于优势，一个月攻陷朝鲜京城，驱逐朝鲜国王李昖。
明朝集结辽东及三千戚家军约4万人由李如松统领，奔赴朝鲜作战。日军在平壤之战大败后后撤，而明军因兵力也无法进行大规模作战，在碧蹄馆之战后双方开始议和。在1595年，战争第一阶段基本结束。
