后来，李成栋在广州发动兵变，宣布反正，投降了南明永历朝，被封为惠国公，当时的佟养甲被裹挟着投降了，其实是被迫的，心里面还是想着清朝，但是没想到，这个时候，李成栋还是想杀他。
佟养甲暗中跟清朝联络，准备反攻，没有想到，传递的信被李成栋截获了，李成栋马上就想杀了他，但是被手下李元胤制止了，李元胤是当时的南明朝的锦衣卫指挥使，他劝李成栋要禀告皇帝。
李元胤骗佟养甲说朝廷派他出去带兵，佟养甲很高兴，带着兵就走了，没有想到，却被李元胤这个锦衣卫指挥使带着兵杀了，估计佟养甲都没有想到，自己是两广总督，虽然投降了， 但是还是死在了锦衣卫手里。
