蒲寿庚降元，忽必烈心中悬着的一个心腹大患，终于可以放下了。当时在泉州，南宋政府设有南外宗正司，至宋末，宗室在泉州者有数千人，他们联合起来准备迎接从广州前来避难的南宋末代皇帝。
不久，宋末帝赵昺与枢密副使张世杰乘船退到泉州港口，蒲寿庚到船上去觐见皇帝，请皇帝一行住到泉州城里去。此时，张世杰已看出蒲寿庚有叛宋之心，因此没有答应进城。有人建议张世杰扣留蒲寿庚，这样一来就可以增强海上抗元力量。但张世杰未听手下劝告，还是把蒲寿庚放回了泉州，却同时下令没收了他家的全部商船。商船是蒲家的命根，宋军没收其商船，就是断其家族的财路，自此在海上无立足之地。
为此，蒲寿庚下定决心，投元灭宋。于是，他立即下令关城，派手下杀死城中的所有宋室成员和大臣。郑思肖《心史》说:"尽杀南外宗子数万人。"张世杰对此无可奈何，只能保护皇帝离开泉州南下广东。
南宋亡国后，忽必烈对蒲寿庚更加信任，不但让他继续掌管泉州市舶使，还要他组织水军，建造舰船，准备进攻日本。
朱元璋建立明朝后，将隔朝隔代、早已作古的蒲寿庚从坟墓里拉出来"鞭尸三百"---"盖治其先世导元倾宋之罪"，不许蒲氏的后代参加科举考试。
