两年后，刘福通兵分三路，攻打元朝全境，企图一举毁灭大元朝，摧毁蒙古贵族的统治。
公元1358年，刘福通攻克了今天的河南开封，建立都城。此时，捷报频传，四处开花，眼看着就要成功推翻元朝的统治。然而，好景不长，由于兵力太过分散，管理混乱，起义军内部明争暗斗。此外，朱元璋彻底背叛了革命，使得起义军一夜之间如同丧家之犬一般四处奔逃。
更有甚者，起义军的灵魂领袖刘福通惨遭杀害。最终，公元1363年，红巾军政权彻底覆灭。红巾军的反抗坚持了12年，十二年的战争成为了压倒骆驼的最后一根稻草，使得元朝的力量被耗尽，让朱元璋占了便宜。其实，红巾军能够坚持十几年也不是没有道理的。
他们在打下的地盘上恢复经济，发展生产，为军队做好了充分的后勤保障。仅仅是刘福通的手下毛贵，他不仅在山东济南招揽了大量人才，大力发展农业，还屯了三百多亩良田，使军队能安心战斗。
