后来，他在一场战斗中打败了瓦岗，但是王石崇的性格不好，因此瓦岗的众多好汉程咬金秦琼等人也就跟了他一阵就转投李渊了。而李渊也非常欣赏这些人才。既然他们来投靠自己，他们也是在合适的时候选择和雇佣人员，所以他们也得到重用。但是当他在李渊避难的时候，秦琼也变老了，这些年来，他也看透了很多事情，所以这次他来到了李渊。他以前没有激情，所以他向唐高祖鞠躬，并代表他成为李渊人。
此后，他还和李渊打了很多仗，尤其是李世民和石崇之间的第一次世界大战。他更感兴趣，因为王石崇是他的敌人，最终以李世民击败了王石崇。所以秦琼也是李渊的得力助手。然而，当李世民即位时，他的地位下降了，能力不被新皇帝重用。特别是在玄武门发生变化的时候，朝廷的大臣们已经开始站队了，有的支持李建成，有的支持李世民，而秦琼当时并没有站队，而是保持中立。后来，当他成为李世民的皇帝时，他开始在家休养。
