到了洪武二十一年，老一辈的开国功臣们都已经病死或者老弱，中生代的蓝玉成为了大将军，新一代的领军人物。他率领十五万大军出击蒙古，在捕鱼儿海遇到了北元的主力，趁风沙发起进攻。北元军队仓促迎战，被蓝玉打的大败，太尉等人被杀，其部众皆降。仅北元皇帝带着太子等数十骑逃窜。
捕鱼儿海之战彻底打垮了北元
蓝玉派精锐骑兵追击，虽未追上元主，但俘获其次子地保奴，妃嫔、公主以下百余人，后又追获吴王朵儿只、代王达里麻及平章以下官属三千人、男女七万七千余人。缴获宝玺、符敕、金银印信等物品，夺得马、驼、牛、羊十五万余头，并焚毁其甲仗蓄积无数。
蓝玉彻底摧毁了北元的统治机构，不久北元覆灭，分裂成了鞑靼和瓦剌。捷报奏传至南京，朱元璋大喜，将蓝玉比作大破匈奴的卫青、消灭突厥的李靖。蓝玉能征善战，战功赫赫，在军方极有威信，一言九鼎。他就是朱元璋留给太子朱标保驾护航的保护神，因为朱标是常遇春的女婿，蓝玉是常遇春的妻弟，也就是蓝玉是朱标太子妃的舅舅。而且两人关系极好，蓝玉是太子朱标的心腹。
