李克用在打败黄巢之后，率兵一直追击，想将黄巢一网打尽，一日一夜行二百里，但最后骑兵仅跟上数百人。因为人困马乏，粮草缺乏，李克用只好退还汴州。而黄巢被他这次穷追猛打之后也仅剩下千余人，不久，在莱芜（今山东莱芜）又遭到时溥的围攻，逃到狼虎谷（今山东莱芜东南）时身边只有几个亲信，黄巢绝望至极，自杀身亡，到此，被史书视为最终将唐朝推向灭亡的农民起义以失败告终。
自杀前，黄巢慷慨激昂，命外甥林言将自己的首级献给唐帝，以换取平安富贵。黄巢抹脖子后，并没有立即死去，林言上前补了一刀，黄巢才死掉。黄巢嫡妻曹氏，在黄巢称帝时被立为皇后。黄巢兵败山东时，曹氏随同。黄巢死后，其外甥林言"并杀其妻子"（《新唐书·黄巢传》），同时还杀了黄巢的几个兄弟。
随后，林言把黄巢夫妇及众人的首级分别装盒，准备送给徐州军阀时溥当见面礼。不料，黄巢等人首级被太原博野军抢走送给时溥，林言被杀。看到黄巢已死，可把僖宗给乐坏了，心里总算是出了一口恶气。为了显现大唐皇帝的威严，僖宗忘记了逃亡皇帝的身份，咬牙切齿地命人将黄巢等一干人首级挂起来示众，并亲身登上大玄楼见证这一巨大时间。被俘的数十名黄巢的姬妾，站在楼下受人谩骂。
