当时有个后醍醐天皇对幕府干政不满，想"王政复古"恢复天皇权威，利用幕府衰败的时候策划各方势力倒幕，他还搞成了，但是他自己的政权管理地也是一塌糊涂，武士势力决定重建幕府反扑。
更糟糕的是他坏了规矩，他自己是大觉寺统，按道理应该传给持明院统才对，但他不，他非要传给自己的亲儿子。
结果终于引发了日本分裂，武士阶级的足利尊氏推翻其统治，建立室町幕府，拥立持明院统之光明天皇，这当然是傀儡天皇了，这就是北朝；但后醍醐天皇带着皇室象征"三神器"跑了，这就是南朝。
一直到1392年，北朝才统一了南朝，不过当时达成的协议还是两派轮流当皇帝，然而后来北朝后小松上皇坏了规矩，硬是把位置传给自己的儿子，于是后来的日本天皇都是这一派的，也就是持明院统，一直到现在。
