幸亏刘裕听从了幕僚刘穆之的意见，亲自入朝商议人选，最终他担任侍中，开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，开始入朝掌权，破坏了刘毅的阴谋。
义熙六年（410年），刘毅的机会又来了。卢循趁刘裕出兵攻打后燕起兵造反，刘毅不想刘裕再出风头，于是在桑落州阻击卢循，但因为自己太过轻敌大败而归。
桑落州，是刘裕曾经打败桓玄的地方，刘毅选择在此进攻，其实就是要证明自己不比刘裕差，可惜此战败了，刘毅在军中的威望也跌落到极点。
刘裕给了刘毅很多次机会，但刘毅还是越来越放纵。忍无可忍的刘裕最终决定讨伐刘毅，兄弟二人兵戎相见，刘毅最终兵败自缢，家族男丁全被斩杀。
