我觉得有两点原因：
一、秦琼很可能没有参加过玄武门之变，这一点，怕是决定性的因素。程咬金和尉迟恭参与玄武门之变，在很多史书中都有记载。但秦琼有没有参加玄武门之变呢？大家众说纷纭，有的说有，有的说没有，也就是说秦琼有没有参加这场政变是个谜。
如果按秦琼的性格来说，他忠于国家，却不忠于个人，他是不会参与兄弟之间的自相残杀的。如果说秦琼没有参与玄武门之变的话，那么他和程咬金两人在李世民心中的地位肯定就会差了一个档次，跟在玄武门带头杀敌的尉迟恭和程咬金相比，甚至名气很小的侯君集相比，秦琼没有站出来帮助李世民的做法肯定会让李世民不是很喜欢他。
即使李世民嘴上不说，但心里肯定会记住。毕竟“功高莫过于救主”嘛，你秦琼在我这最关键的一战里没来协助我战斗，想必你还是不太忠诚于我。
二、秦琼的翼国公是唐高祖李渊封的，程咬金的宿国公也是李渊封的。但是李世民登记为皇之后，又封了程咬金为卢国公。虽然二者都是国公，但这样以来差别就不一样了：一个是当朝皇帝李世民亲封的，一个是前朝皇帝封的，两个国公的重量级别就不一样了。
总的来说，秦琼的爵位没能世袭的原因主要是和程咬金相比，他没有参与玄武门之变，给唐太宗李世民的印象不一样。当然了，秦琼的国公爵位没有世袭，并不能说明秦琼为大唐做出的贡献少。另外，在一千多年后的我们的认知中，秦琼还是“门神”之一，知名度反而比程咬金还高。
