然而事实并非如此，因为朱元璋的墓地并不是秘密，它就在紫金山南麓独龙阜玩珠峰下嘛。据史学家推测，那些棺材里很可能装的都是殉死的后宫美女！早在秦汉以前，中国就有殉葬制度，就是活杀死者身边的妃妾新侍，到阴间继续伺候服侍死者。如秦始皇死后，秦二世就曾将其后宫女人全都处死殉葬。尽管后来刘邦废除了这个残忍的直到，但到了明代朱元璋当皇帝，这个制度又被恢复了。
因此在朱元璋死后，继位的朱允炆遵遗诏，依古制，将朱元璋生前没有生育过的后宫嫔妃，全部下令处死殉葬，另有若干宫女从死。据明末人毛奇龄所著《彤史拾遗记》记载，“太祖以四十六妃陪葬孝陵，其中所殉，惟宫人十数人。”这么一来，在朱元璋下葬那天，十三城门同时朝外抬棺材就很好理解了，那些棺材里面都是殉葬者！后来的明成祖朱棣死后也殉葬了大量的妃嫔宫女，直到明英宗朱祁镇继位后，这一制度才得以废除。
