在李世民病逝于行宫翠微宫时，长孙无忌秘不发丧，并让李治迅速赶回长安，是程咬金统率飞骑军护卫李治回朝继位，李治登基后程咬金在左延明门外连续宿卫了三个月，为李治顺利交接皇权站稳脚跟立了功。
程咬金在唐高宗时期依然受到了重用，不过很奇怪的是他在显庆元年（656年）西征的时候犯了错，身为葱山道行军大总管却听从副大总管王文度的话，王文度跟程咬金说自己得了皇上的密旨，让他节制程咬金，程咬金就当真了，错过了军机还让人马受损严重，苏定方劝程咬金说其中必定有诈，把王文度抓起来再飞奏皇帝弄个清楚，程咬金也不肯，后来又听王文度的话将恒笃城屠了城，结果回师后王文度因为矫诏当死，获特赦只是免职了事，而程咬金也被免官，没多久授任歧州刺史，程咬金却是上表请辞，回家养老去了。
程咬金犯错免官，被授官后又告老归田，很可能是跟唐高宗废立皇后有关，就在程咬金犯错前一年，也就是永徽六年（655年），唐高宗李治立武则天为皇后，在废立皇后这件事上是受到了元老大臣势力的反对，李治却还是立了武则天，以这件事来重振皇权，打击元老势力，进行政治清洗，后来褚遂良、长孙无忌等都遭到了清算，而程咬金很可能嗅到了危机，知道李治想收权，所以弄了一出听信王文度而犯错的戏，最后借坡下驴，自己主动辞职回家养老了。
程咬金回家颐养天年，于麟德二年（665年）去世，享年77岁，李治下诏陪葬于昭陵，这时候武则天以皇后的身份掌政，还没有称帝，也不会去杀害一个主动让权的人，等武则天称帝的时候，程咬金都已经死了25年，武则天更加不可能去杀害一个死人了。
