但在孙传庭辞官归隐的后，生活过的并不安稳，他心系国家，想着百姓的生存，还在老家组建了自己的军队去抗击外敌。这支军队的战斗力非常强悍，还给自己取了一个响亮的名字，秦军，不但平定了很多战乱，甚至还击败过李自成的军队，在军队有了战功之后孙传庭并没有得到朝廷的赏赐，反而对这支军队失去了控制权。
这件事情对孙传庭的打击非常大，他心想，自己从老家组建的军队抗击外地，一心帮助朝廷，反而皇帝不信任他还要怀疑他，最后还收回了他的军权，因此孙传庭决定还是回老家养老，可是皇帝却觉得孙传庭有点专横，于是将他关入了大牢里面。
就在孙传庭在监狱的一段时间里面，让李自成有了喘息的机会，很快的恢复了元气，而看着李自成的军队壮大皇帝没有对策，于是又将狱中的孙传庭提了出来，让他带领秦军继续抵抗李自成，可惜今时不同往日，首先是秦军在离开他以后被四处分散，战斗力大不如前，第二是孙传庭在监狱这段时间里面外面的局势已经发生了很大的改变。
作为一个指挥官不能对局势经常了解，这是非常危险的，而且当时孙传庭手里面只有1万士兵，很多都是新军，根本没有战斗能力，而李自成却不同，手里面有50万大军，这样的结局自然明了，孙传庭就在这样巨大悬殊的战役中去世了，而这一切的原因都是因为皇帝的不信任导致。
