崇祯十七年（1644年）初，李自成已兵临大同，朝野惶惶。阮大铖却觉得是个机会，向首相周廷儒行贿，谋求复官。本来受到极大阻力，但周廷儒以"用人之际"为由，强行起复阮大铖为兵部右侍郎兼右佥都御史、总督庐陵、凤阳等处军务（今江西、安徽一带）。
明思宗煤山殉国后，福王朱由菘（明神宗第三子福忠王朱常洵之子）在南京称帝，改元弘光，召阮大铖为兵部尚书兼右副都御史、巡阅江防。弘光政权前后只存在了八个月，在这短短八个月中，被寄予厚望的阮大铖不是思报国恩、救亡图存，而是急于报复东林、复社敌党，顺便中兴阉党。
当然，卖官招贿也不能忘了。当时兵势大乱，很多将领打了败仗，残部逃到某个地方，跟兵部联系上就号称重新召集"义军"再战，要求重新授官。阮大铖不辨真伪，只要有贿赂就一律大授高官，时人称"职方不如狗，都督满地走"。（兵部职方司本是任免武官的部门，但现在还不如狗，都督到处都是。）
清军攻至南京，阮大铖率一众官员乞降于江边，之后又随清军继续进攻南方，死于路途。家乡人耻于阮大铖的人品，都不承认他是本地人。桐城和怀宁（均属今安徽安庆）人都极力考证他是对方而非本县人，阮大铖的籍贯竟成悬案，成了一个"无家可归"的贪官。
