明朝创建后，在朱元璋统一江山过程中，他的一系列手下败将，比如张士诚、方国珍等人的部下不愿意投降，于是也逃跑到了沿海岛屿，他们选择和倭寇海盗等团伙合作勾结，结果对明王朝的海防造成了严重的威胁。
明太祖朱元璋为了抵御倭寇入侵，以及清除海患，应该说投入了巨大的成本进行海防建设。他曾经派遣了一系列开国名将或功臣，比如汤和、廖永忠、周德兴、吴杰等人担任巡海主将抵御倭寇，同时还对东起辽东、南到广东的万里海疆设置了备倭行都司、卫所，管辖海兵二三十万，对海域进行巡逻，并防备海盗倭寇。应该说这种大规模的军事威慑对抵御倭寇是有很大作用的。
朱元璋为了永绝海患，实行了海禁政策，禁止老百姓私自出海贸易。不过朱元璋并没有完全断绝中外交流，他还是设置了由官方垄断的市舶贸易，有浙江宁波、福建泉州和广东广州三处。不过倭寇当然不会死心，他们继续侵犯中国海疆，到了永乐年间，明王朝取得了望海埚大捷，从此海疆平定了将近一百多年。
应该说，朱元璋和朱棣父子俩的海防建设还是很有成效的，有力地维系了明王朝的和平稳定。而海禁政策也让倭寇之乱平息了百多年，直到嘉靖年间，由于日本国内形势的变化，再度导致了倭乱爆发。但这和朱元璋的海禁政策并无必然联系。
