随着唐军的反攻，长安被唐军占领，但没几天又被黄巢夺了回来。对于长安的失而复得，黄巢大光其火，将第一次丢失长安的罪责归于普通的长安平民。他举起屠刀，血洗长安，将城中八万余名男丁杀戮殆尽。并且，在后来唐军反攻的时候，黄巢选择了一把火烧掉了宏伟的大明宫。
对此，经历了这场长安之乱和血腥屠杀的晚唐诗人韦庄，在他的著名长诗《秦妇吟》中，有这样的描绘："家家流血如泉沸，处处冤声声动地。"有传言说，黄巢起义，杀掉了八百万人，这对于古代社会来说，是极大的灾难。
后来，唐末的叛军都喜欢和大明宫过不去，因为它代表着李唐的尊严和辉煌，仿佛毁了大明宫，就能真正的毁掉大唐，毁掉那个盛世大国。大明宫最终也在一次又一次的焚烧中，彻底毁灭，就像大唐帝国一样。这，就是历史上真实的"黄巢起义农民军"，但大唐帝国的普通百姓们，还将经历更为残酷的血腥炼狱。
