崇祯时举人，官至南明兵部尚书。顺治二年（南明弘光元年，公元1645年）南京失守后，与钱肃乐等起兵抗清。后奉鲁王朱以海，联络十三家农民军，并与郑成功配合，亲率部队连下安徽二十余城，坚持抗清斗争近二十年。康熙三年（1664年），随着永历帝、监国鲁王、郑成功等人相继死去，张煌言见大势已去，于南田的悬嶴（ào）岛（今浙江象山南）解散义军，隐居不出。是年被俘，后于杭州遇害，就义前，赋《绝命诗》一首。谥号忠烈。
1645年，即明弘光元年（清顺治二年），任江阴典史期间，率十万义民，面对二十四万清军铁骑，两百余门重炮，困守孤城八十一天，使清军连折三王十八将，死七万五千人，史称江阴八十一日。城破之日，义民无一降者，幸存者仅老幼五十三口。阎应元被俘后坚决不向清廷贝勒下跪，被刺穿胫骨，"血涌沸而仆"，英勇就义。
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