这份名单，也存在着较大的争议，其中一点就是秦琼的排名。因为我们知道，秦琼是唐朝主要的名将之一，战功卓著，而且他也是现在的两大门神之一，在百姓心中有很高的威望，将他排在二十四功臣的最后一位，很多人心理上难以接受。
我们看看，唐太宗这么排名的依据是什么。画像是唐太宗怀念那些功臣而设立的，因此最主要的标准就是他们的功劳，其次就是他们的职位，按理说这两样秦琼皆不是最后的，为何他会排在最后一位，主要有这两点原因。
一是人们了解秦琼，主要是从影视剧、民间故事这些方面了解的，影视剧、民间故事都有一定的艺术加工成分，即对秦琼的功劳有所夸大，不过虽说如此，秦琼依然是战功赫赫的唐朝名将之一。
二是玄武门之变时，秦叔宝没有参与，还阻止了程咬金的参与。玄武门之变，是唐太宗能当上皇帝的关键事件，因此在他心中的分量极重，而玄武门之变，又是李世民评选功臣的一个重要依据。因此，秦琼的排位比较靠后。
