朱元璋面对这个严重威胁到自己的丞相，早已无法容忍，不过，时至此时，胡惟庸是一个嚣张跋扈独断专权的丞相，朱元璋是那个隐忍未发飙的皇帝，疑点虽已出现，但他在等待着合适的时机。
案发时史书上的记载只是一纸官方文书，叫“云奇告变”，胡惟庸邀请朱元璋去自己府邸观看澧泉的祥兆，朱元璋并没有推脱，在去往他府邸的路上却被一个宦官拦住了道路，由于跑得太急，这个宦官气喘吁吁，怎么也喘不匀气息讲话，而这种冲驾行为在当时是要杀头的重罪，旁边的守卫几乎已经快要将他乱棍打死的时候，他费尽气力抬起手指向了胡惟庸家的方向，朱元璋见状发觉有些不妙，便登上城墙远望胡惟庸的府邸，一看就立刻怒发冲冠，原来胡惟庸家里到处都是士兵，这是要谋反叛乱，于是立刻下令处死胡惟庸。
此时，疑点便接踵而至，单看这个官方文书就可以发现，宦官为何非要在路上冲驾，冒着杀头的危险一个人喘得再厉害，也不至于一个字都说不出来吧？并且作为一个小宦官，在即将被打死的时候还能拼死指向胡惟庸家里的方向，这样的忠心也是让许多学者抱有怀疑态度，并且，胡惟庸的府邸距离城墙并不是很近，那么朱元璋是如何一眼便看到院子里面的士兵的而最重要的就是，多方学者都认为，云奇这个人完全就是正史杜撰出来的人物。
假定历史上根本不存在这个人，云奇告变自然也是子虚乌有的事情。
案件处理结果
在所谓的云奇告变之后，胡惟庸被赐死，但是这一切并没有结束，明史记载"惟庸既死，其反状犹未尽露”，在废除丞相制之后，过了几年，朱元璋再次旧案重提，将开国功勋二十几位全都处死，株连族人将近三万，包括立下汗马功劳的李善长，原因就是他有放任胡惟庸谋反的嫌疑，太子的老师宋濂也被波及，虽然马皇后为他求情，但是还是在发配的路上离世。
时隔将近十年后再次提起旧案，并且如此血腥，残杀将近三万人，做出此种行为的朱元璋让所有人都震惊，这也是许多人疑惑的地方，在李善长死后一年，有一位叫王国用的官员上书朱元璋，他论证李善长死得是真的冤，他完全没有理由去纵容造反。
理由很简单，胡惟庸造反即便成功了，他李善长也不会是皇帝，冒着杀头的危险得到的还是一个丞相的位置，他没有理由和动机去冒这个险。朱元璋并不理会，也没有迁怒于他，这是否，也表明了朱元璋认可这种概念，默认他这么做是错的呢？不惜戴上杀人魔头的帽子也要将这些人赶尽杀绝，甚至在胡惟庸案后并没有收手，而是一路杀戮到底。
