阿尔泰山历史上几乎全部都在我国境内，清朝时设置科布多参赞大臣，管辖阿尔泰山周边地区，因此后来直接将这里称为科布多。1864年沙俄强迫清政府签订《中俄勘分西北界约记》，割让了西北44万平方公里的土地给沙俄，阿尔泰山西面和北面被沙俄控制，但是阿尔泰山东面和南面还是清朝的土地。
1904年清廷将科布多办事大臣从科布多城转移到承化寺，1907年清廷又将阿尔泰山南部原属于科布多的地区划出，设立阿尔泰办事大臣，此时阿尔泰和科布多成为平起平坐的一级行政区，科布多只剩下阿尔泰山东部地区。
1911年武昌起义后，外蒙古在沙俄的怂恿下趁机独立，但科布多表示继续效忠清朝，1912年外蒙古军队攻陷科布多城，驱逐了清朝官员，科布多被迫沦陷。因此阿尔泰山东部被外蒙古控制。
