与此同时，也先的重臣阿剌知院在其称汗后求取太师之位，也先不仅没有准许，反而先后将其两个儿子鸩杀，阿剌知院一怒之下于景泰六年（1455年）举兵反叛，也先被暗杀身亡。也先死后，其子绰罗斯·阿马桑赤继承汗位。
景泰七年（1456年），绰罗斯·阿马桑赤入侵察合台汗国，在伊犁河附近大败羽奴思汗。而在这时，皇后哈尼木（卫思汗之妹）在后方制造混乱，她的儿子亦不刺忻和也里牙思两兄弟对阿马桑赤发动叛乱，虽然最终以失败告终，但卫拉特的实力却被严重削弱。
瓦剌最终分裂为四部
就在瓦剌内乱的同时，黄金家族后裔却在内乱之中重新整合，随后趁机向西进攻，瓦剌部被迫退出蒙古中部。随着瓦剌绰罗斯氏的持续衰落，其部盟最终于嘉靖二十二年（公元1543年），绰罗斯氏瓦剌汗国正式分裂为准噶尔、和硕特、土尔扈特、杜尔伯特四部。
