然而在这决定历史的时刻，也先却犯了一个致命失误。空前的胜利和意想不到的俘虏了明朝皇帝让他在思想上毫无准备，结果也先决定带着他的军队和丰厚的战利品回师，准备消化一下眼前这个巨大利好后再做行动。
正统十四年（1449年）10月，在经过了整整一个月时间修正后，也先率10余万瓦剌军队逼近北京城。然而正所谓战机稍纵即逝，在一个月前，北京城内到处充斥着失败言论，人人都想趁早开溜。可是一个月后，北京城却如同重获新生。新任兵部尚书于谦下令将宣府约8万名边防军，以及辽东的守军，北直隶、山西、山东、河南的后备军全部调集到了京城。等到也先率军抵达北京附近时，明朝守军已达到了22万人。
"北京保卫战"在1449年10月中旬正式打响，由于明军在此战中已做好了充分准备，再加上人数和主场优势，所以抵抗非常顽强。瓦剌军队虽在土木堡战场上大显神威，但在进攻北京城的战斗中却丝毫占不到便宜。战斗仅进行了5天时间，也先就意识到攻下北京城已是不可能完成的任务了，于是他下令撤军，灰溜溜地跑回了蒙古。
"北京保卫战"失利让也先的威望直线下降，不少蒙古贵族公然质疑他在处理与明朝军事、外交方面的种种失误。也先用蒙古人的传统方式搞定了所有反对者，也就是将这些人全部杀掉。然而此时也先又犯了另一个致命失误。
