嘉靖年间，随着倭患的日益严重，明朝政府先是和倭寇海盗汪直合作，浇灭了陈思盼、卢七、沈九等海上武装势力，此后汪直与明朝政府保持了一段蜜月期，直到俞大猷、胡宗宪先后到任，汪直与明朝政府开始决裂，并最终被诱杀，此举虽然使得沿海大型武装集团被消灭，但也是的倭患因缺乏约束而迅速蔓延。
嘉靖四十年（1561年），戚继光率领戚家军开始大肆剿灭倭寇，此时倭寇虽然泛滥，但由于未能再度形成庞大集团，根本不是明军的对手，戚继光先是九战九捷歼灭台州倭寇，之后又与俞大猷联手肃清福建、浙江倭寇。到嘉靖四十四年（1565年），随着广东、南澳的倭寇被消灭，东南沿海倭寇基本荡平，之后随着"隆庆开关"政策推行，走私商人也大肆减少，内地倭患基本消灭。
如果说明朝内部倭寇的出现，是由于长期海禁政策导致沿海百姓和商人铤而走险，那么日本方面的倭寇则是由于政局动荡导致的武士大量失业。从元末时期日本镰仓幕府倒台之后，日本先是处于南北对立时期，之后又因应仁之乱而进入战国时期，长期的混乱导致大量武士失业，再加上一些大名的背后支持，大量武士就此沦为海盗出海谋生。
直到日本战国后期，随着日本政局逐渐趋于稳定，为了维护自身的统治，日本内部也开始打击倭寇，再加上丰神秀吉颁布八幡船禁止令（海盗行为禁止）的影响，由日本武士组成的真倭开始逐步减少，再加上失去了明朝内应的原因，倭寇劫掠现象开始逐步减少。
