据明末清初孙承泽《春明梦余录》记载，北京历代帝王庙由景德崇圣殿、东西两配殿、东西燎炉、祭器库、景德门、神厨、神库、宰牲亭、钟楼、庙街东西景德牌坊、下马牌等组成。景德崇圣殿为正殿，殿内60根巨柱，由金丝楠木制成，这种木材，到清代已几乎绝种，相比南京历代帝王庙正殿的单檐庑殿顶，北京历代帝王庙正殿的屋顶样式升至最高级--重檐庑殿顶；屋顶上的黑琉璃瓦绿剪边，则要到乾隆二十七年（1762）修缮时才被黄琉璃瓦所取代。
历代帝王庙前两座下马碑
照理说，老祖宗朱元璋定下的规矩，不得轻易更改。可偏偏有人对元世祖忽必烈有意见。早在北京历代帝王庙修建时，翰林院的姚涞就发表过《论元世祖不当与古帝王同祀疏》，被礼部以"宜遵旧制 ，庙祀如故"驳回。十多年后，时过境迁，当礼部右给事中陈棐于嘉靖二十四年（1545）再次申论元世祖不当入祀帝王庙时，嘉靖帝不惜违背祖制，将元世祖神牌及从祀的5位元代名臣牌位一并拿下。如此180度大转变自然与嘉靖朝愈演愈烈的蒙古边患有关，用陈棐的话说，既然在庙中祭祀胡虏之君元世祖 ，为什么还要抵抗他们的侵略？既然崇祀元世祖的神位 ，为什么还要阻止与他们的交往？因而陈棐坚词以请，认为只有罢祀元世祖，才能"诏谕海内，必有发舒华夏之气……士气既奋则兵威自扬"。很显然，双边态势并没有按陈棐和嘉靖帝所想的那样发展。嘉靖二十九年（1550），蒙古首领俺答汗率军从大同边塞一路攻入古北口，兵临城下，武力要求明朝政府开放边贸，史称"庚戌之变"。明朝不得不开放宣府、大同等地与蒙古进行马匹交易，全国上下，到处弥漫着一股仇恨蒙古的情绪。最受"苦虏之扰"的嘉靖帝到了晚年，每写"夷狄"字必极小，凡诏旨及章疏均是如此，足见其厌恶程度。元世祖的"缺席"，恰是嘉靖年间对外政策的真实写照。
