但是！元朝对云南的控制是很不严密的，旧大理的段氏政权在此地还保留了相当的存在，此地的文明也有着很强的独立性，这种状态持续到了明朝初期。 中国有个规律，后朝是要继承前朝全部领土的，所以明朝攻打云南有政治合法性，更何况云南此地还有着敌对的蒙古残留势力！ 洪武十四年（1381年），朱元璋派大将傅友德、沐英率军队攻占云南，灭元朝梁王，这距离738年南诏国建立，已经过去六百多年了，六百多年来，中央政权再度重新统治云南（元朝的云南行省是保留了大理段氏的总管府的）。
朱元璋对于云南的控制很严，蒙元残余势力，当地地头蛇势力被其连根拔起，之后他还派大将沐英（朱元璋义子）镇守云南，并向此地大力移民同时进行文化同化政策，这样云南的人口结构，地域文化终于发生了根本性的变化，其经济和文化完全纳入中原，成为没有任何分离主义倾向的一个普通行省。 而这，也成为明帝国对中国疆域最重大的贡献，功盖万古！
