康熙主动防控
皇太极对天花倍加警惕，依然防不胜防。清初定鼎中原的"八大铁帽子王"中，岳托和多铎先后罹患天花而薨。有鉴于此，顺治病逝后，孝庄皇太后听取西洋传教士汤若望的建议，认为顺治三子玄烨出过天花，具有终身的免疫力，将其扶立为帝。
康熙即位后，意识到天花对清朝的威胁，必须采取措施控制天花的蔓延。他在北京设立专门的"查痘章京"，向八旗普及和提高防范天花的事宜。对"其出洋贸易回国家,官阅其人有痘发,则俟平复而后使之人。"这一制度延续到嘉庆年间，查痘范围扩大来华商船，成为中国最早的检疫制度，同时，在太医院成立痘诊科，广征名医，加强治疗天花的力度。
当时，蒙、藏、回、维等各民族首领大都是未出过痘的"生身"， 由于天花的肆虐，各民族的入京觐见制度一度中止。康熙曾降谕理藩院："凡元旦来朝外藩王等，虽云已经出痘，朕犹虑之。伊等所云出痘，信耶？疑耶？"
