吴三桂不仅控制着云贵两省，还遥控着四川、广西和陕西等地。其部将王辅臣为陕西提督，李本深为贵州提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十人为云南总兵。这些总兵中，仅仅陕西提督王辅臣就有兵马七万，而且都是精兵强将，实力不容小视。而吴三桂本人更是兵强马壮，麾下兵马众多、猛将如云。吴三桂所属兵力高达五十三佐领，绿营兵一万二千，丁口数万，麾下人马不少于七万。这还只是表面上的兵力，吴三桂的实际兵力高达二十万。如果加上依附他的王辅臣等人，他的兵力不少于四十万。
此外，吴三桂还和广东的尚可喜及福建的耿精忠二藩相勾结，三藩结成了攻守同盟，所以清王朝根本不敢轻举妄动。耿精忠手下有15万兵马，而尚之信的兵马也在10万人以上。三藩的兵力加起来高达六七十万，比清朝全国的军队都多。当时清军的总兵力约为60万，其中大部分都是驻防地方的"治安军"，有战斗力的部队不到一半，能抽调的兵力更是非常有限。三藩之乱爆发后，慌乱的清王朝仅仅拼凑出7万机动兵力，可以想象当时三藩的实力有多强盛。这也是战争初期，清军被打得节节败退的一个主要原因。如果不是吴三桂年事已高，已经失去了年轻时的锐气和胆气，所以当军队推进到长江一带裹足不前，给了清王朝喘息的机会，搞不好清王朝真被推翻了。即使如此，清王朝也花了八年的时候才把吴三桂搞定，而且其中多次险象环生。其实，清朝能打赢吴三桂真是险胜。所以清王朝忌惮吴三桂就不难理解了。
参考资料：《三藩之乱》、《吴三桂评传》、《吴三桂起兵反清始末述评》
