然而，朱由校驾崩后，信王朱由检登上皇位。朱由检深知魏忠贤做过许多坏事，加上朱由检又信任东林党的人。
没多久嘉兴贡生钱嘉征弹劾魏忠贤十大罪：一与皇帝并列，二蔑视皇后，三搬弄兵权，四无二祖列宗，五克削藩王封爵，六目无圣人，七滥加爵赏，八掩盖边功，九剥削百姓，十交通关节。
朱由检听完后，召见了魏忠贤，当面呵斥了魏忠贤。不久之后，朱由检把魏忠贤发往凤阳处置，但是在前往凤阳路上，魏忠贤豢养了一批亡命之徒，途中把魏忠贤解救出来。
魏忠贤逃脱消息传回朝廷后，朱由检气得冒火，马上下令把魏忠贤抓回来。这时的魏忠贤就像是丧家之犬，他甚至逃不过朝廷的追杀。不久之后就在客栈自杀了。
