有观点认为袭击是一场政治阴谋。当中的主要疑点包括飞机撞毁一摩天大厦的可能性，五角大楼的缺口直径与飞机直径不符，联合航空93号班机的碎片以及劫机者的生死等疑点。阴谋论者认为该袭击目的是布什政府自导自演为维护美国的国际地位，达到霸权和平目的，以便控制世界。
2002年9月11日美国国防部公布了9·11恐怖袭击事件的遇难者和失踪者的统计数字，总数为3025人 。最终的统计数字2996人得以减少是由于统计人员证实并删去了一些重复的名字。
纽约世贸大厦：市政官员称共有70人失踪;医疗机构出具了1400人的死亡证明;有1331人已被证实死亡，但尸体尚未找到。(以上数字不包括10名劫机者 )在世贸中心大楼遇难的人中，有230人是美国大型金融机构的副总裁。有130人是规模大小不一的证券公司的经纪人，而遇难和失踪者中还有一群特殊的人，他们是343位消防队员 。
美航11次航班：乘客和机组人员共87人死亡。
美联航175次航班：
乘客和机组人员共60人死亡。
华盛顿：184人死亡。
五角大楼：125人死亡。
美联航77次航班：乘客和机组人员共59人死亡(不包括5名劫机者)。
宾夕法尼亚州：40人死亡。
美航93次航班：乘客和机组人员共40人死亡(不包括4名劫机者)。
在所有的美国城镇中，43个州的近800个城镇有人在此次事件中遇难。还有一些遇难者来自中国、圭亚那、澳大利亚等14个国家。有23的分居住在纽约和新泽西，其中纽约市的遇难者最多，有929人。位于世贸大楼顶端的世界之窗饭店也有71名雇员遇难，其中的许多人都是新移民 。
