程咬金和秦琼、李绩相比，在李渊执政时期的地位稍有不如，但也是有一定实权的将领，比尉迟敬德、侯君集这样在朝廷中没有实际职位的秦王府私兵的地位还是要高不少，比如李建成、李元吉要铲除李世民的左膀右臂时，尉迟敬德、张亮这样的可以直接抓起来拷打，但对程咬金这样在朝廷中有正式职位和实权的就只能用行政命令调离：
七年，隐太子谮之，出为康州刺史
不过他是被视为秦王府的人，没有秦琼那样在李渊心目中有较高的地位，也没有李绩那样有着自己的嫡系部队，调离到外地，没有李世民的直接帮助，恐怕会出意外，所以程咬金也很干脆的劝说李世民动手："大王去左右手矣，身欲久全，得乎？知节有死，不敢去！"。但他同样是有一定兵权的大将，不可能去帮李世民做简单的打手。
而且，像程咬金这样的即被视为是李世民的死忠，又有兵权的将领，肯定是被严密监视的，带着他去玄武门反而容易暴露。所以，在"玄武门之变"中，程咬金没有参与最危险，也是最核心的伏击行动，是在外面带着他能统辖的部队负责秦王府的保卫和肃清李建成、李元吉余党的工作，相对而言，比起直接在玄武门那以死相搏的人，功劳要小上不少，在凌烟阁上的排位也就不会太高。
