1370年，耿炳文被封为长兴侯，食禄一千五百石。不管是在建立明朝，还是在稳定明朝局势的时候，他都作了巨大贡献，是当之无愧的明朝开国功臣。俗话说，最是无情帝王家，朱元璋虽然读书不多，但也明白这个道理。自古以来，父子、兄弟之间为了争夺皇位，相互残杀，历史上这样的例子数不胜数。他知道四儿子朱棣的野心，想当皇帝，可惜燕王不是自己心目中的最佳人选。朱元璋更明白自己死后，燕王很可能会夺权，为了帮助朱允炆守住皇位，他决定把耿炳文留给孙儿，毕竟耿炳文的能力有目共睹，对自己也很忠心。
但是，朱允炆不明白祖父的良苦用心，一登基就想削藩，给了燕王起兵的借口。1399年，朱棣起兵叛乱，朱允炆任命耿炳文为征虏大将军，前去镇压。已经65岁高龄的耿炳文再次披挂上阵，率领13万大军出战。他的部队遭到了燕王的突袭，损失较大。危急时刻，麾下将领张保投靠了朱棣，并告知朱棣耿炳文部队没有30万人，只有13万，以及军事部署情况。朱棣让张保回去当间谍，透露假情报，导致耿炳文的部队被偷袭，伤亡惨重。而朱允炆听说耿炳文战败，便让曹国公李景隆代替他的位置。
事实上，耿炳文虽然被朱棣的大军包围，但朱棣明白他是一位经验丰富的老将，攻城不是一件容易的事儿。所以三天后，朱棣大军就撤离了。当朱棣得知耿炳文被替换后，有了信心，下令攻城，连连告捷。最终，朱允炆丢了皇位，不知所踪。如果他没有临时替换掉耿炳文，或许结果会不一样。
1403年，刑部尚书郑赐、都御史陈瑛弹劾耿炳文说他有不轨之心。朱棣听信谗言，令耿炳文很害怕，因此自杀了。也有人说，他在真定之战中战死沙场。
