赤壁大败之后，驻守南郡的刘巴被曹操丢弃了，因为此时的曹操被周瑜追着屁股打，根本没有时间去管南郡，就这样南郡被刘备夺取了。缓过神的曹操在得知这个消息后懊悔不已。
后来刘巴为了躲避刘备，欲逃到了交趾郡，但在半路上被刘璋拦下来了，成为了刘璋的手下。当时刘备准备入川夺取蜀地，刘巴向刘璋提出了非常具有战略眼光的意见，那就是拒绝刘备入川，他认为刘备并非池中物，若他入川必为川蜀大害。
但是刘璋不听，仍然邀请刘备入川平定张鲁叛乱，不仅如此还帮助刘备招兵买马。刘巴再次向刘璋建议，千万不要让刘备去打张鲁，否则这就是放虎归山。而刘璋不听，刘巴只好闭门谢客了。等到刘璋反应过来时，刘备已经以拉枯摧朽之势攻下了蜀地。
面对多次拒绝自己的刘巴，刘备非常生气，甚至想要杀他，但是诸葛亮却说了一句让刘备非常惊讶的话："运筹帷幄之中，吾远不如子初也。"这句话的份量太重了，吓得刘备直接下令：谁敢伤害刘巴，就诛灭他九族。
