木牛流马被弃用的第一个原因，是因为它运送粮草的速度慢。按照《三国志》记载，木牛流马一天能走三十里。古代普通士兵背着粮一天能走五十公里，木牛流马的速度比士兵行军还要慢上一半，如果军队粮草比较紧急或者遇上敌人突袭夺粮，木牛流马的速度就成了最大的隐患。而且木牛流马在行驶过程中要派军队在隔壁维修跟进，不知不觉间也拖累了这些士兵的行军速度。如果诸葛亮没死，木牛流马可能会被改造提速，但诸葛亮死后木牛流马就只能定格在每天三十里这个速度了。
木牛流马被弃用的第二个原因，是因为它生产难易损坏。木牛流马唯一的优势是无消耗，它不像牛马要吃草，所以在粮草比较紧缺的时候或者军队里少马少牛的时候，可以用来它来撑一下。不过比起牛马，木牛流马就比较脆弱了，如果不小心翻侧或者摔跤，活的牛马能重新站起来，而木牛流马则非常容易报废。当时做一架木牛流马比养大一只马驹牛崽的要难得多，木牛流马如果补充速度跟不上，就会越用越少，既然这么麻烦，后世的军队就干脆不用。
木牛流马被弃用的第三个原因是它用途单一。活的牛马在运粮过程中如果意外死亡，军队可以宰了它。牛马肉可当口粮，牛皮马皮披在身上能保暖，牛角马骨还能用来做号角或者骨刀，这是真正的一体多用。但木牛流马坏了就成了一堆废木头，行军途中漫山遍野都是树木，谁会在意木牛流马这几斤烂木呢？军队对木牛流马的投资一旦出去，就回收不了成本，久而久之它们就不投这个项目了。
结论：木牛流马遭到历史淘汰是必然的，因为封建社会中畜力是第一动力，木牛流马这些木质机械注定只能昙花一现。古代没有近现代的大规模工业，木牛流马面世以来几乎得不到任何改良改进，它诞生开始就存在的弊病一直没有得到根除，而落后者出局是战场的铁则。
