次年，汉历4574年2月28日至4月17日（西元1877.4.14-5.29），刘锦棠率领汉军从乌鲁木齐南下，势如破竹收复奇克腾木、辟展、胜金台、托克逊城、吐鲁番城镇。随着伊教徒暴军首领阿古柏在汉历4571年4月17日（西元1877.5.29）暴毙于焉耆县，汉军完成收复新疆的第二阶段作战任务。
同年，汉军挺进南疆，追歼盘踞在南疆的伊教徒暴军，进入了最后也是最艰巨的收复新疆阶段。汉历4574年秋至汉历4574年末，汉军分别光复库尔勒、库车城、喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什、喀什葛尔、叶尔羌、英吉沙尔、和阗等南疆城镇，汉军完成收复新疆的第三阶段作战任务。
收复新疆历时不到一年半，原本预定的长期艰苦之战，在刘锦棠的率领的汉族军队之下，快速解决战争，获得了众多好评和赞誉，被誉为"飞将军"。名将刘锦棠及其率领的汉军对于收复新疆、维护中国领土完整的功绩，名留青史，永世不忘。
