此时，武帝年老昏聩、体弱多病，虽然自知时日无多，但依旧忌讳"死"字。所以在看到朱安世的供词后，皇帝暴跳如雷，下令将公孙贺及其家人抓进大牢，进行严加审讯。不久，公孙贺父子因为熬刑不过，全都死在狱中，而三族也同时被杀，时在征和二年（前91年）初。而在此之前，朱安世已经被明正典刑。
汉武帝下令穷究巫蛊案
是时，诏捕阳陵朱安世不能得，上求之急，贺自请逐捕安世以赎敬声罪。上许之。后果得安世...安世遂从狱中上书，告敬声与阳石公主私*通，及使人巫祭祠诅上，且上甘泉当驰道埋偶人，祝诅有恶言。下有司案验贺，穷治所犯，遂父子死狱中，家族。见《汉书·卷六十六》。
然而公孙贺家族的灭绝不过是"巫蛊之祸"的开始，在他死后，武帝依然在穷追此案。不久，跟太子不和的佞臣江充便向汉武帝屡进谗言，宣称宫中有人诅咒皇帝，请求派人搜查，并得到皇帝的首肯。江充得令后迅速搜查刘据居住的东宫，并暗中授意手下人栽赃陷害，声称在太子的花园地下挖出用于诅咒的桐木人。
