武德九年，李世民登基13天后，长孙氏被册封为皇后，应验了关于她"贵不可言""坤载万物"的预言。
当了皇后，长孙氏还是像普通儿媳一样，力尽孝道。 每日早晚，她都必去给李渊请安，细致提醒太上皇身旁的宫女，想办法调节他的生活起居，常常拿着梳子为李渊理发戴冠。
长孙皇后不争宠，不骄矜，经常规劝太宗要公平对待每一位妃嫔。 她贤良恭俭，温柔而豁达，以仁义治理后宫，对嫔妃体恤爱护，情同姐妹。 嫔妃得了病，她送去自己正在服用的药，对嫔妃的子女慈爱超过自己亲生，嫔妃很少因争风吃醋而惹事生非，后宫对她无不爱戴。
贵为皇后，但她的衣服用品都不讲豪奢，饮食宴庆不尚铺张，生活力求简省。 她与太宗的长子李承乾自幼被立为太子，其乳母曾因器物寒酸请求增加费用， 长孙皇后说，"身为皇室继承人，应该担心忧患的是自己有没有良好的品德、贤良的名声，不应该去考虑自己缺少什么东西啊！"
