朱由崧身为崇祯帝的堂兄弟，虽然比崇祯帝年龄大，但可以援引兄终弟及的条例来继统。
而且三亲藩之中，福藩居长。老福王朱常洵是为万历帝第三子，在万历帝长子明光宗已死，第二子早夭的情况下，福王一脉自然是居长。
还有一个关键原因在于，桂惠二王当时在广西，距离南京较远。福王朱由崧却近在淮安，当时人心惶惶之际，自然早立新帝为好，距离远近也是个重要原因。
按继承顺序，自然是福王朱由崧最为合适了，当时也有不少人支持福王继位，如大臣路振飞"遗书南京兵部尚书史可法，谓伦序当在福王，宜早定社稷主"。
南京身为留都，与其他地方不同，掌握有实权的分别是南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监、提督南京军务勋臣。
