但是，这位荒诞不经的皇帝不知道，等他再回到北京的时候，已经走到了生命的尽头。正德十五年九月，朱厚照在清江浦捕鱼，一不小心跌入湖中。后虽被救起，但由于惊吓和呛水，随后的身体便每况愈下了。
明武宗于正德十六年三月崩于豹房，终年只有三十一岁。正德皇帝死时年仅三十一岁的壮年，仅仅是落入湖中受到惊吓，呛了几口水，怎能直接导致死亡？明武宗的病程仅仅不到五个月，去年还能跃马扬鞭，要亲自带兵剿灭叛贼，身体如果有问题肯定不允许。再加上明武宗和内阁大臣们之间的矛盾，致使明武宗的死并不仅仅只是因为肺炎这么简单。
有一种说法是，由于明武宗荒诞不经，荒淫无道，整日在豹房取乐。身旁以杨廷和为首的大臣苦苦劝谏，明武宗不厌其烦，开始信任刘瑾，江彬等人来压制以杨廷和为首的文官集团，这样的行为引起了以杨廷和为首的文官集团十分不满。于是杨廷和仗着权势买通明武宗身旁的医生，致使明武宗的病情逐渐加重，最终不治身亡。甚至还有说是杨廷和毒死的明武宗之后杨廷和还毁掉豹房等与明武宗相关的东西，意在重新改善明王朝君主的形象的说法。
