不过，朱元璋的孙子朱允炆，在朱元璋年老的时候问过朱元璋，他说："皇爷爷，你说，要是我的藩王叔叔们不听从我，我该怎么办呢？"朱元璋听后愣住了，回问到："那你觉得应该怎么办呢？"朱允炆回答到："如果我的藩王叔叔们将来不听从我的命令，我只能以君主伦理道德相劝。如果还不行，就只能以兵相待了。"朱元璋听完朱允炆的话后，沉默了许久，回答到："唉，确实也只能如此了。"
朱元璋驾崩后，即位的朱允炆很快就和朝中的齐泰、黄子澄、方孝孺讨论，准备废除自己的皇爷爷所设的封疆大吏们。废除了几位藩王后，身在北平的燕王朱棣察觉到了危险，于是开始谋划起兵造反。朱棣以建元帝朱允炆身边的齐泰、黄子澄蛊惑了朱允炆。而藩王遵照祖训可以兴兵清君侧为理由，瞬间控制了北平地区，并开始募兵。因为明太祖朱元璋为了给自己的孙子朱允炆创造一个安全的政治环境，所以处死了不少擅长攻坚的将领，只留下了擅长守城的将领。常年与漠北蒙古作战的朱棣战斗经验丰富，率领部众获得了多次胜利，最后一路从北平打到了南京。
朱棣攻入南京的前夕，宫中忽然失火。在这场大火中，朱允炆乔装打扮逃出宫中，从此不知踪迹。关于朱允炆的去哪的传说有不少，有人说他逃往深山老林成为了一个普通百姓、有人说他逃往了南洋，也有人说他并没有逃走，他其实死在那场宫中大火里。当然，不管别人怎么议论，朱棣是认为朱允炆死在了宫中大火里的--朱棣到了皇宫后，对着一副烧得焦黑的尸体假模假样地哭到："我的侄儿允炆啊，你被奸臣迷惑，最后不幸死在这场大火里，实在太惨了！"然后就急急下令将这具不明身份的尸体给下葬了。
